La manutenzione di un organo a canne, generalmente prevede anzitutto l'individuazione dei vari problemi, soprattutto legati alla trasmissione sia meccanica che elettrica e alla polvere accumulata; ma non solo... anche ai somieri e ai mantici, ai ventilabri, all'elettroventilatore ecc...ecc...,in modo da rendere pienamente efficiente tutti i comandi e i meccanismi. Per ultimo si accordano i registri ad ancia ed eventualmente anche alcune note dei registri composti da canne labiali. E' bene che la manutenzione di uno strumento sia eseguita con una certa periodicità, in modo da limitare i problemi che eventualmente si possono presentare.